近年来，济宁高新区围绕推进“二次创业”，大力加强创新源头、创新基地和创新环境“三大建设”，注重提升自主创新、产业聚集和支撑服务“三个能力”，区域自主创新体系初步形成。截止到目前，区内拥有省市级高新技术企业105家，2005年完成技工贸总收入727亿元，同比增长39.8%；工业总产值436亿元，同比增长43%；财政总收入达27.97亿元，同比增长59.8%；合同利用外资7.4亿美元，实际利用外资3.1亿美元，高新技术产业产值占规模以上工业企业总产值的比重达39.2%。全区研发投入2005年达到4.8亿元，占GDP的比重达3.2%。“十五”期间，高新技术产业呈现持续、高速、健康发展的良好态势，已经成为全市经济发展的重要增长点、对外开放的窗口和科技创新的引擎。今年上半年，济宁高新技术产业开发区引进新项目153个，投资亿元以上的在建项目45家、在建外资项目38家。
　　增强区域核心竞争力 
　　 针对济宁市科研院所、高校数量少、研发力量相对分散的实际，济宁高新区将科技创新源头建设作为“立区之本”，充分发挥高新区作为创新平台和科技高地的作用，外引内联，整合资源，不断增强区域核心竞争力。
　　为进一步促进企业自主创新的积极性，制定了《济宁高新区关于设立科技创新基金的意见》，以无偿资助、贴息贷款、奖励成果等方式鼓励企业进行技术创新和传统产业的升级换代。管委会每年拿出6000多万元作为科技基金，用来扶持重点科技项目和传统产业升级换代项目，同时对在科技创新工作中做出突出贡献的企业和个人进行重奖，调动了企业加大研发投入的积极性。留美博士崔向民创办的济宁惠康医药有限公司，主要进行抗癌新药的研制，济宁高新区给予1000万元风险投资资金，促使该项目在济宁顺利研制生产；留美博士奚伟祖创办的济宁龙兴通讯技术有限公司，主要进行复合式城域网光通讯装置的研制，是奚博士在美国的研究成果，济宁高新区拿出400万元风险投资资金作为启动资金，现在该项目已经先后获得了五项国家专利、国家优秀发明专利一等奖等荣誉；金百特电子公司是拥有23项专利的科技型企业，负责人白中明先生被评为山东省优秀发明家提名奖、济宁市十佳发明人，2006年还被选中成为全国108名候选人之一参加“赢在中国”创业项目大赛；留英博士胡春吉创办的汇海新大电子有限公司，高新区给予了100万的贴息贷款，同时济宁高新区还给予了以上企业三年免400-1000平方米厂房房租的优惠。另外还有济宁山大奥太电器有限公司是山东山大奥太在济宁设立的科技研发基地，自落户济宁高新区后年产值、销售收入连年翻番的速度迅速壮大，短短5年已经成为高新区企业的后起之秀。
　　搞活产、学、研联合，国内知名院校如中国科学院、清华、复旦、天津科大、西安交大、上海交大、山大、山科大、山东理工大、山东轻工业学院等与区内企业如意、山推、菱花、机械设计院、鲁抗辰欣、金工、世纪车轮、英克莱、雪花、华一轻工等企业共同建设产学研基地，到目前为止，区内拥有省级以上工程技术研究中心11家，国家级企业技术中心3家，70%以上的企业拥有自己的研发机构。2005年菱花集团氨基酸研发中心正式晋升为国家级企业技术中心。
　　此外，济宁高新区积极实施招商引智战略，引进国外高新技术项目、核心技术。相继引进了小松全能油缸、小松叉车、美国伊顿液压、中国重汽商用车、韩国世银生物包装材料、德国德固赛赖氨酸、韩国大象谷氨酸项目等一批“高、大、外”项目，为高新技术产业的可持续发展增添了新的后备军。2005年，全区共引进项目511个，项目总投资达510亿元。全区共有16家上市公司投资的27家企业落户高新区，进一步提高了高新区的知名度和外向度。通过加强创新源头建设，济宁高新区原始创新能力进一步提升，“十五”期间，我区获各级科技进步奖46个，其中省级以上20个；各级科技攻关计划项目153项，其中国家科技攻关项目2项，省级29项；各级火炬计划项目47项，其中国家级火炬计划项目17项，省级30项。国家级创新基金2项，省级2项。
　　展特色主导产业
　　在抓创新源头的同时，济宁高新区大力发展特色主导产业，不断加快创新基地建设，主要做了以下几方面：
　　一是搞好三大特色产业平台的建设，继续发展壮大济宁高新区已有的三大国家级特色产业基地，即以鲁抗医药、胜利股份、菱花集团、雪花集团、凯赛生物、日本味之素等为骨干企业的国家级生物技术产业基地；以山推股份、小松山推、中国重汽商务车、英克莱集团、伊顿液压、小松叉车、胜代机械等为骨干企业的国家级工程机械产业基地和以德源纱厂、如意集团、嘉达纺织、宏大樱花、欧化家纺等为骨干企业的国家级纺织新材料基地。自2002年以来，经国家科技部批准，三大国家级特色产业基地陆续在高新区挂牌成立，为高新区高新技术产业提供了快速发展的产业平台，有力地促进了当地高新技术产业的发展和技术水平的提高。同时依托特色产业基地及骨干企业，加强与跨国公司的合作，做好引进消化吸收再创新，嫁接改造提升传统产业，进一步提升了传统产业的技术和装备水平，企业自主创新能力得到加强，在市场竞争中重新焕发了生机和活力。现已有15家世界500强企业与区内企业进行合资、技术合作，并在区内设立了各自的研发中心和生产基地。仅日本小松一家公司就在区内设立了小松山推、小松全能、小松叉车、山推彩桥、山推结构件、山推铸钢等六家高新技术企业，极大的带动了工程机械产业的发展。生物医药领域，以菱花集团为依托，菱华诚志、菊生味精、正大菱花等公司先后投产运营，以鲁抗为依托，鲁抗辰欣、动物药业、明治鲁抗也先后实现达到规模化生产，分别成立了自己的技术中心，成为生物医药领域科技创新的先锋。
　　二是加强创新平台的公共体系建设，特别是高新区现有的国家级创业中心、留学生创业园、大学科技园三级孵化机制，完善高新区的国家级博士后科研工作站、省级软件园、留学生创业园及各类科技园区，坚持高新区的“扶上马，送一程”的原则，不断壮大高新技术产业。2005年，高新区创新基地总孵化面积达30万平方米，国家级创业中心在孵企业达到211家，其中，博士等高层次人才领办、创办的企业47家，拥有专利技术70余项，年实现营业收入8.7亿元。高新区创新基地先后培养了英特力光通信、通联、长城光纤、龙兴通讯、惠康医药等一批小巨人企业，孵化的光纤光缆、光通讯设备、蓝光二极管、真空测量仪等高新技术产品填补了国内空白，已毕业企业如鲁抗辰欣、通联电器、华能生科等企业已先后成长为已成为我区技术创新的领头雁，经济发展的新生力军，为高新区的高新技术产业发展提供了不竭动力和保障。
　　三是大力实施引智、引才的人才工程，搞好创新环境。济宁高新区坚持环境与经济和谐发展，坚持“绿、亮、清”工程，坚持引进“四高一低” （科技含量高、附加值高、市场占有率高、投资强度高、环境污染低）的项目，走注重环境保护、产业功能和城市功能并重的务实路子。同时给予创业的博士实行购房补贴、生活补贴，并根据项目情况给予一定金额的创业资助，给高技术人才以良好的创业环境。目前，已经有19位留学归国博士、硕士在高新区创业发展。